Фамилия Стонов начинается не с имени, а с прозвища — Стон. Вероятнее всего, так в старину называли человека, который часто жаловался, охал или громко стонал. В русских говорах слово «стон» означало не только жалобный звук, но и самого нытика, плаксивого человека. Прозвище могло закрепиться за тем, кто постоянно болел, маялся или просто имел привычку тяжело вздыхать вслух.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Стонов — сын или потомок Стона. По этой же схеме образованы тысячи фамилий от прозвищ, имён и профессий. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Стоно́в, но исторически вернее произносить с ударением на первый: Сто́нов, от существительного «сто́н».

Интересная деталь: фамилия очень редкая. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий, не имеет дворянских ветвей и не привязана к конкретному региону. Скорее всего, она возникла в крестьянской или мещанской среде в центральной России. Возможно, изначально Стоновы жили в одной деревне, а потом разбрелись по стране — поэтому фамилия осталась малочисленной.

Стоит отличать её от похожей фамилии Стоянов, которая образована от имени Стоян (болгарского, сербского происхождения) и никак не связана со стоном. В русском контексте Стонов — это чисто прозвищная фамилия, без иноязычных корней.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминается модель образования от прозвищ, обозначающих звуки и состояния человека, — Стонов стоит в одном ряду с фамилиями Криков, Плачков, Вздохов. Все они нелестно характеризовали предка, но спустя века утратили первоначальный смысл и стали просто фамилиями.