Фамилия Стояльникова — женская форма фамилии Стояльников. Мужской вариант образован от прозвища Стояльник, а оно, в свою очередь, от слова «стояльник». В русских говорах так называли постояльца, квартиранта — человека, который снимал угол или комнату. Прозвище могло закрепиться за пришлым человеком, который временно жил в чужом доме, или за тем, кто держал постоялый двор, где останавливались проезжие. В этом смысле фамилия Стояльников — ровесница таких «бытовых» фамилий, как Постояльцев или Квартирантов, только образована от более редкого диалектного корня.

Суффикс -ник в основе «стояльник» типичен для названий лиц по занятию или свойству (сравните: работник, плотник, охотник). А фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Стояльников — буквально «сын Стояльника». Модель простая и распространённая, но сама основа встречается нечасто, что делает фамилию заметной среди множества «профессиональных» фамилий на -ов.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Архангельской губерниям. В этих краях слово «стояльник» в значении «постоялец» было в ходу ещё в XIX веке. Встречаются и варианты написания через «е» — Стояльников/Стояльникова, но это скорее результат местного произношения, чем отдельная ветвь.

В словарях фамилию не всегда фиксируют, но в архивных записях она попадается. Например, в метрических книгах конца XVIII — начала XIX века можно найти крестьян и мещан с этой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении. Никаких следов связи с церковным «стоянием» (например, со стояльниками — монахами, несущими послушание) у фамилии нет, хотя внешнее сходство с глаголом «стоять» иногда подталкивает к ложной догадке.

Итак, предки носителей фамилии Стояльниковы — скорее всего, либо люди, державшие постоялый двор, либо те, кто сам был пришлым и снимал жильё. Фамилия не громкая, не княжеская, но крепкая и бытовая — из тех, что рассказывают о повседневной жизни русского севера.