Фамилия Стоюшкин — редкий пример, где за основу взято не имя и не прозвище, а глагольная форма в повелительном наклонении. Если разобрать её по составу, корень «стой» восходит к глаголу «стоять» в значении «не двигайся, замри». Суффикс «-ушк» в этом случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее прозвищный, характерный для русских фамилий, образованных от глагольных команд: вспомните фамилии Держушкин, Терпушкин или Вертушкин. Окончание «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Стоюшкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Стоюшка.

Прозвище Стоюшка могли дать человеку по двум противоположным причинам. Первая — за упрямство или стойкость: того, кто стоит на своём, не сдвинуть с места. Вторая — за медлительность или задумчивость: человек мог подолгу стоять на одном месте, словно врос в землю. В крестьянской среде такие прозвища давали метко, по заметной черте поведения. В пользу первой версии говорит то, что в русских говорах слово «стойкий» имело положительный оттенок, а прозвище Стóйко фиксируется в документах XVI–XVII веков.

Географически фамилия Стоюшкин тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается она нечасто, что объясняется её прозвищным, а не календарным происхождением: в святцах имени Стоюшка нет, а значит, фамилия возникла не из крестильного имени, а из живого языка. Это типично для поздних русских фамилий, которые оформились в XVIII–XIX веках у крестьян и мещан.

С точки зрения словообразовательной модели, Стоюшкин стоит в одном ряду с фамилиями типа Варюшкин (от «варить»), Плясушкина («плясать»). Но если те фамилии указывали на ремесло или занятие, то Стоюшкин — на поведенческую черту. В ономастических словарях эта фамилия не упоминается в числе самых распространённых, но её структура прозрачна: любой носитель русского языка без подготовки поймёт, что предок был «Стоюшкой» — человеком, которого однажды назвали за то, что он стоит.