Фамилия Стоюшко — яркий пример южнославянской, скорее всего украинской или белорусской, модели образования фамилий. Её выдает суффикс -ко, который в этих регионах был чрезвычайно продуктивен: он превращал прозвище или имя в фамилию, добавляя оттенок уменьшительности или принадлежности. В основе фамилии лежит глагольная форма «стою» — от «стоять». Прямое значение прозвища Стой, от которого образована фамилия, — «тот, кто стоит», «устойчивый», «непоколебимый». Так могли назвать человека упрямого, верного своему слову или, что вероятнее, сторожа, часового, человека, чья работа была связана с долгим стоянием на посту.

Менее очевидная, но возможная версия отсылает к личному имени Стоян. Это распространенное у южных славян имя, образованное от того же корня «стоять» и означающее «стойкий», «крепкий». В украинском и белорусском языках форма Стоян через суффикс -ко могла трансформироваться в Стоянко, а затем, под влиянием местных говоров или при записи, упроститься до Стоюшко. В таком случае фамилия означает «потомок Стояна» или «маленький Стоян».

Географически фамилия четко привязана к западноукраинским землям и югу Беларуси. Встречается она и в Польше, но как следствие миграций населения в XIX–XX веках. В России Стоюшко — редкая фамилия, и её носители почти наверняка имеют корни с Западной Украины или из Полесья. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые доминируют в великорусских регионах, Стоюшко сохранила архаичную южнорусскую и украинскую модель, где фамилия часто совпадала с прозвищем и не требовала дополнительного патронимического суффикса.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Стоюшко стоит в одном ряду с Стояновым (болгарская/сербская форма), Стояновским (полонизированная версия) и Стояном (без суффикса, как фамилия). Особенность Стоюшко — именно суффикс -юшк-, который встречается реже, чем -як или -ук, и может указывать на более узкую локальную традицию словообразования, характерную для Подолья или Волыни.