Фамилия Страфун — одна из тех, где прозрачность корня обманчива. На первый взгляд она кажется иноязычной, и это действительно так: её основа не славянская, а германская или еврейская (ашкеназская). В русском языке слово «штраф» закрепилось через немецкое Strafe — «наказание», «взыскание». Фамилия Страфун — это фонетический вариант фамилии Штрафун, где начальное «ш» перешло в «с» под влиянием южнорусских или украинских говоров, где шипящие нередко смягчаются или заменяются.

Суффикс -ун в русских фамилиях обычно указывает на деятеля, носителя признака (ср. бегун, говорун). В фамилии Страфун он, скорее всего, выполняет ту же роль: прозвище Страфун могли дать человеку, имевшему отношение к штрафам — либо тому, кто их налагал (сборщик податей, судейский чиновник), либо, наоборот, тому, кто их часто платил (нарушитель, «штрафник»). В среде немецких колонистов или еврейских местечек фамилии с корнем «штраф» нередко возникали как прозвища для людей с жёстким, требовательным характером.

Географически фамилия Страфун встречается в основном на западе Украины, в Молдове и в южных областях России — там, где исторически были сильны немецкие колонии и еврейские общины. Встречаются и варианты написания: Штрафун, Страфунский, Штрафунер. Важно, что окончание фамилии не склоняется по модели прилагательных (как -ов или -ин), а остаётся неизменным, что характерно для фамилий, заимствованных из немецкого или идиша.

Если исходить из словарей фамилий (например, работы А. Бейдера по еврейским фамилиям), Страфун — типичный пример «прозвищной» фамилии, которая закрепилась за одним человеком, а затем перешла к потомкам. Никакого отношения к «страусу» (другая народная этимология) фамилия не имеет: это случайное звуковое совпадение, не подтверждённое ни историческими документами, ни словообразовательной логикой.