Фамилия Стратонникова — одна из тех, что выдают церковные корни, но с неочевидным для неспециалиста путём образования. В основе лежит полное крестильное имя Стратоник (или Стратоникос) — греческое, от στρατός (stratos) «войско» и νίκη (nikē) «победа», то есть «победоносный воин». В святцах это имя носил мученик III века Стратоник, но в народном обиходе оно было редким, почти книжным. От него через суффикс -ов- образовали фамилию Стратоников, а форма Стратонникова — это женский вариант, указывающий на принадлежность роду Стратонниковых.

Интересна двойная «нн» в середине. В русской ономастике это не опечатка и не случайность. В церковнославянской традиции имя Стратоник часто писали с двумя «н» — Стратонник, по аналогии с греческим написанием с удвоенной согласной. Фамилия, закрепившаяся в документах, сохранила эту орфографическую черту, что делает её отличительной среди однокоренных — Стратонов, Стратонович. Такое написание — маркер грамотного, возможно, духовного происхождения носителя: в крестьянской среде имя чаще упрощали до Стратон или даже Троша.

Сословно фамилия не была массовой. В XIX веке Стратонниковы встречались в основном среди духовенства, купечества и мещан центральных губерний — Владимирской, Костромской, Ярославской. Семинаристы, получавшие фамилии по именам святых, нередко брали именно такую форму, чтобы подчеркнуть книжную учёность. Поэтому носитель фамилии Стратонникова с высокой вероятностью происходит из семьи, где предки были либо священниками, либо дьячками, либо городскими людьми, близкими к церковной среде.

Географически фамилия редкая. По переписям XX века её фиксировали в основном на севере европейской России и в Сибири — туда переселялись старообрядцы и ссыльные. В современных базах Стратонниковых насчитывается не более нескольких сотен человек по всей стране, так что это скорее реликтовая фамилия, сохранившаяся в отдельных родах.