Фамилия Стунеева — женская форма мужской фамилии Стунеев, и её происхождение стоит искать не в очевидных корнях, а в диалектных особенностях и забытых прозвищах. Основа фамилии — «Стуней» или «Стуня», что сразу отсылает к двум возможным источникам.

Первый и самый вероятный — прозвище Стуня от глагола «стунуть» (ударить, толкнуть, а в некоторых говорах — «застучать», «грохнуть»). В русских диалектах, особенно в северных и сибирских, «стуня» могло означать человека неловкого, который часто обо что-то ударяется, или, наоборот, шумного, громкого. В ономастике известны фамилии от подобных звукоподражательных основ: Ступнев, Стукалов, Ступаков. Стунеев — та же модель, но с редким суффиксом -еев, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и характерен для прозвищ с мягкой основой (сравните: Коптеев, Лаптеев). Это указывает, что прозвище Стуней было живым, а не книжным.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований — связь с личным именем Стуней как уменьшительной формой от Степан (Степун → Стуня). В русской антропонимии фиксировались варианты: Ступа, Ступка, Стуня — от Степана. Однако фамилия Стунеев в этом случае должна была бы иметь суффикс -ин (Стунин), а не -еев. Поэтому версия с прозвищем от «стунуть» выглядит правдоподобнее: суффикс -еев характерен именно для прозвищ, а не для имён.

Географически фамилия Стунеев (и Стунеева) встречается в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях, где диалектное слово «стуня» было в ходу. В этих местах предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за манеру поведения или работы. Встречаются и однокоренные фамилии: Стунев, Стунёв, что подтверждает наличие корня в разных говорах.

Таким образом, фамилия Стунеева образована от прозвища Стуней, которое, скорее всего, дали человеку за шумный, неловкий или «стучащий» характер. Редкий суффикс -еев и диалектная основа делают её нечастой и локально привязанной к северным и центральным регионам России.