Фамилия Ступикова — женская форма фамилии Ступиков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Ступик. Основа здесь — глагол «ступить» или существительное «ступня», «ступень». Но, в отличие от фамилий, произведенных от названий частей тела (например, Ногин, Локтев), Ступиков скорее указывает на характерную походку или манеру поведения. Ступиком в русских говорах могли назвать человека, который ступает медленно, тяжело или неуклюже, — отсюда и прозвище, ставшее фамилией.

Суффикс -ик в основе — уменьшительный, но не ласкательный, а скорее характеризующий. В ономастике такие модели (Ступик → Ступиков) типичны для северных и центральных регионов России, где прозвища на -ик, -ук, -юк были особенно распространены. Фамилия Ступиков, а значит, и Ступикова, могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давали по внешним приметам или повадкам.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Ступино. Таких сел и деревень в России десятки, и жителей оттуда могли называть «ступинскими», а затем фамилия могла сократиться до Ступиков. Однако против этого говорит суффикс -ик, который в фамилиях от названий мест обычно не встречается: скорее получилось бы Ступин или Ступинский. Поэтому происхождение от прозвища Ступик остается основным.

В дореволюционных источниках фамилия встречается в основном в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — там, где говор был «окающим» и прозвище Ступик звучало естественно. Встречается она и сейчас, но не входит в число распространенных — это редкая, локальная фамилия, сохранившая живую связь с русской диалектной лексикой.