Фамилия Субекин — редкий пример, где основа не лежит на поверхности и не поддаётся однозначной трактовке. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я, здесь корень вызывает вопросы.

Самый вероятный путь — от прозвища или некалендарного имени Субек (или Субека). Суффикс -ек в русских прозвищах часто указывал на уменьшительность или принадлежность к чему-либо. Что могло лежать в основе? Первая версия — от тюркского слова «су» (вода) с добавлением уменьшительного аффикса. В таком случае Субека — «водяной», «тот, кто у воды». Вторая версия — от глагола «субетить» (диалектное, означающее «суетиться», «торопиться», «делать что-то невпопад»). Человек суетливый, непоседливый мог получить прозвище Субек, а его потомки — фамилию Субекины.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: основа на согласный (Субек) плюс суффикс -ин даёт значение «чей?» — сын Субека. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном или двух соседних сёлах и не получила широкого распространения. В сословном плане носители Субекиных, судя по отсутствию упоминаний в дворянских родословных книгах, были крестьянами или однодворцами.

Интересно, что однокоренных фамилий (Субека, Субетин, Субеев) практически нет. Это дополнительно указывает на то, что прозвище Субек было редким и, возможно, диалектным, а не общеупотребительным. Если фамилия встречается в документах XIX века, искать её стоит в архивах Вологодской, Костромской или Вятской губерний — именно там фиксировалась похожая по звучанию лексика.