Фамилия Субеева — женская форма фамилии Субеев, и её происхождение напрямую связано с тюркскими корнями. Основа фамилии — мужское личное имя или прозвище Субе́й, которое в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) восходит к слову «су» — вода, река. Субе́й может означать «водный», «речной» или быть уменьшительно-ласкательной формой от имени, связанного с водой. Встречается также вариант, где имя связано с тюркским «субе» — воин, предводитель отряда, но эта версия менее распространена.

Модель образования фамилии простая: к основе Субе- добавлен суффикс принадлежности -ев, который в тюркских фамилиях, адаптированных русской грамматикой, указывает на «сына» или «потомка» носителя имени. Таким образом, Субеев — буквально «сын Субея». Фамилия характерна для татарской, башкирской и отчасти казахской среды, где распространены патронимы на -ев/-ов, оформленные по русской модели.

Географически Субеевы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, из тюркоязычных народов, занимавшихся скотоводством, земледелием или рыболовством — промыслами, связанными с водой, что косвенно подтверждает «водную» версию корня.

В русском языке фамилия сохранила тюркское звучание, но ударение обычно ставится на последний слог: Субе́ева, хотя в некоторых говорах возможно смещение. Фамилия редкая, не имеет широко известных дворянских ветвей, что говорит о её народном, крестьянском или мещанском происхождении.