Фамилия Скубеева хранит память о прозвище дальнего предка — Скубей. Это прозвище, скорее всего, связано с глаголом «скубти» («скубать»), который В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» трактует как «щипать птицу». Отсюда первая и самая вероятная версия: основатель рода занимался разведением домашней птицы или работал поваром, которому приходилось ощипывать тушки.

Однако у этого корня есть и другое, менее очевидное значение. В смоленских говорах «скубти» означало «прясть». Если принять эту версию, родоначальник Скубеевых мог быть прядильщиком, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Обе гипотезы указывают на конкретное ремесло, что делает их более правдоподобными, чем попытки связать имя с характером человека.

Существует и третья, более экзотическая гипотеза: возведение прозвища к старолитовскому слову skuba — «торопливость, спешка». В этом случае Скубеем могли назвать суетливого или поспешного в делах человека. Но эта версия выглядит слабее: она не опирается на славянскую почву и не объясняет, почему прозвище прижилось именно в русской среде.

Сама фамилия образована по простой и распространённой модели: прозвище Скубей плюс типичный русский суффикс принадлежности -ев. Такая форма указывает на «сына Скубея» или «человека из рода Скубея». Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа прозвища заканчивалась на мягкий согласный.

Интересно, что фамилия Скубеева встречается реже, чем её «мужской» вариант Скубеев, и в основном в документах, где речь идёт о женщинах. Но корень у них общий, и история происхождения одинакова.

Так или иначе, прозвище Скубей закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии. Потомки того, кого звали Скубеем, получили фамилию Скубеева — и она по сей день несёт память о ремесле или особенности предка, пусть и не всегда понятную без обращения к словарям и говорам.