Фамилия Скубенкова — женская форма, а её мужской вариант Скубенков. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев почти всегда образованы от прозвища или имени отца. В основе лежит слово «скуб» или глагол «скубать», «скубить». В северных и центральных говорах это означало «драть, щипать, обдирать» (например, скубать лён или скубать шерсть). Соответственно, Скубенок — человек, которого так прозвали за манеру дёргать, торопиться или за работу со щипанием. Суффикс -енок характерен для западнорусских и белорусских земель: он указывал на молодого человека или сына (как «Скубов сын»). Позже фамилия закрепилась в форме Скубенков.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с литовским «skubus» — быстрый, торопливый. В пограничных с Литвой и Беларусью регионах такое прозвище могло прижиться у русских крестьян, но для фамилии с исконно славянским суффиксом -енок литовский корень выглядит натяжкой. Ономасты сходятся на том, что здесь работает именно русское диалектное «скубать».

Географически Скубенковы встречаются в Смоленской, Тверской и Псковской областях, а также в Беларуси (особенно в Витебской области). Это указывает на ареал, где лён был основным промыслом — там прозвище Скубенок давали трепальщику льна или тому, кто работал быстро и нервно, «скубя» волокно.

В дореволюционных переписях эта фамилия не была дворянской или купеческой — её носители в основном крестьяне и мещане. Социальный контекст простой: предок Скубенковых, скорее всего, занимался обработкой льна или конопли, либо получил прозвище за резкий, «дёрганый» характер. В современном русском языке глагол «скубать» почти исчез, но в диалектах ещё живёт — так что фамилия сохранила память о старом ремесле.

Если сравнивать с однокоренными Скубов, Скуба, Скубко — Скубенков стоит особняком из-за суффикса -енок, который реже встречается в русских фамилиях и чаще в белорусских. Это делает фамилию маркером западнорусского или белорусского происхождения.