Фамилия Скуденкова — женская форма мужской фамилии Скуденков. Её основа — прозвище Скудень, которое в свою очередь происходит от прилагательного «скудный», то есть бедный, скудный, небогатый. В древнерусском языке слово «скудный» имело прямой смысл — «малоимущий», «не имеющий достатка». Прозвищем Скудень могли наделить крестьянина, жившего бедно, или человека, который в силу обстоятельств потерял имущество. Впрочем, в некоторых говорах у слова было и переносное значение — «скупой», «прижимистый», так что не исключено, что прозвище отражало не столько реальную бедность, сколько черту характера.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе Скудень добавился суффикс -ов, образующий фамилии-притяжательные прилагательные, отвечающие на вопрос «чей?» — то есть Скуденков буквально означает «сын Скудня» или «принадлежащий Скудню». Такая модель доминировала в центральной России и на севере, поэтому фамилия Скуденков (и её женская форма Скуденкова) скорее всего возникла именно в этих регионах. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или волости.

Интересно, что фамилия избежала более распространённого варианта Скуднов. Суффикс -енк- (Скуденков) указывает на то, что исходное прозвище имело форму Скудень, а не Скудный. В ономастике такие пары встречаются: например, от прозвища Скудный образовалась бы фамилия Скуднов, а от Скудень — Скуденков. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» разбирается похожая модель с суффиксом -ень, характерная для прозвищ, обозначающих человека по внешнему или социальному признаку. Таким образом, носитель фамилии Скуденков — потомок человека, которого в XVI–XVII веках называли Скуднем, и это прозвище закрепилось как родовое имя, перейдя в официальную фамилию после отмены крепостного права.

С точки зрения социального контекста, фамилия не принадлежала дворянству или духовенству: она явно крестьянская или посадская. В метрических книгах XIX века Скуденковы чаще всего записаны как государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане. Географически фамилия встречается в основном в северных и центральных губерниях России, в частности в Вологодской и Костромской областях, где сохранились архивные записи о крестьянах Скуденковых.