Фамилия Скученкова — женская форма от Скученков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Скученок. Модель типична для русского Северо-Запада и центральных областей: суффикс -енок (в диалектном произношении часто -онок) указывал на молодое существо или на человека по родству — буквально «сын такого-то» или «маленький, похожий на того, кто назван в корне».

Корень здесь — «скуч-», что напрямую отсылает к слову «скука». Но в старом языке, особенно в говорах, «скучный» означало не только «наводящий тоску», но и «досадный, тягостный», а также «докучливый, назойливый». Скученком могли прозвать ворчливого, всем недовольного человека, который постоянно жалуется и «скучит» (докучает) окружающим. Впрочем, в некоторых диалектах «скучный» имело и значение «печальный, унылый» — прозвище могло пристать к человеку молчаливому, с постоянным грустным выражением лица.

Вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть из топонима — названия деревни Скученки или Скученково. Такие названия встречаются в бывших тверских и псковских землях, где суффикс -енки/-онки типичен для обозначения поселений по фамилии первопоселенцев. Тогда Скученков — это «выходец из Скученок», а корень всё тот же, из прозвища. Связь со словом «скучивать» (собирать вместе) маловероятна: для такого значения больше подошла бы основа «куч-» (Кученков).

Интересно, что фамилия Скученков нечастотна и почти не выходит за пределы северо-западной России, что подтверждает её локальное происхождение. Встречаются и варианты написания через «а» — Скучанков, это следствие акающего произношения. Носительница фамилии Скученкова — почти наверняка потомок крестьянина или ремесленника из тверских, псковских или новгородских мест, прозванного за свой нрав Скученком.