Фамилия Скубина — редкий пример, где суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу (как в Иванов — сын Ивана), а работает иначе. В русской ономастике -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я: Скуба → Скубин, а женская форма Скубина закрепилась как фамилия. Но разбирать её стоит с мужского варианта — Скубин, который встречается чаще.

Корень фамилии — слово «скуба» или глагол «скубать». В диалектах русского языка «скубать» означало «щипать, дёргать, обрывать» — например, скубать лён или шерсть. Отсюда прозвище Скуба могли дать человеку с беспокойным характером, который «дёргался» или постоянно суетился. Но есть и более приземлённая версия: Скубой называли того, кто занимался обработкой льна — щипал его, готовил к прядению. Это ремесленное прозвище, как Ткач или Пряха.

Вторая версия менее очевидная, но лингвистически возможна: связь с польским или украинским «скуба» — «пучок, клок». В таком случае прозвище могло относиться к внешности — человек с торчащими клоками волос или неопрятной бородой. Однако для русской фамилии, особенно из северных и центральных губерний, «ремесленная» гипотеза надёжнее: обработка льна была массовым занятием, и прозвища по нему встречаются часто.

С точки зрения географии, Скубины — фамилия не столичная. По данным переписей XIX века, она концентрировалась в Тверской, Псковской и Новгородской губерниях — как раз в зоне традиционного льноводства. Это косвенно подтверждает связь с ремеслом. Встречается фамилия и у староверов, например, в Ветлужском крае, но там она могла быть принесена переселенцами с северо-запада.

Если сравнивать Скубину с однокоренными фамилиями — Скубенко, Скубко, Скуба — то форма на -ин характерна именно для великорусской традиции, где фамилии часто застывали в женском роде, если носителем была женщина (вдова или дочь). Но в современном употреблении Скубина уже не несёт родового оттенка — это просто фамилия, которую носят и мужчины, и женщины.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий из крестьянской среды. Её ценность не в громком прошлом, а в том, что она прямо ведёт к занятию предков — к льняному полю, кропотливой работе руками, без которой в русской деревне не обходились.