Фамилия Скубовская — яркий пример того, как географическая привязка и суффикс -ск- могут рассказать о происхождении рода. В отличие от простых патронимов на -ов/-ев, фамилии на -ский/-цкий в русской традиции чаще всего указывали на дворянское происхождение или на принадлежность к определённой местности, от названия которой и была образована фамилия.

Основа фамилии — топоним Скубово или Скубов. Такие названия встречаются в разных регионах Восточной Европы, особенно в Беларуси и на западе России. В основе лежит, скорее всего, прозвище или неканоническое имя Скуб. Глагол «скубить» в русских говорах означал «щипать», «дёргать», «ощипывать» (например, птицу). Соответственно, Скубом могли прозвать человека с характерным занятием — ощипывателя птицы, либо, в переносном смысле, человека придирчивого, «обирающего» других. Также возможно происхождение от слова «скуба» — так в некоторых диалектах называли клок шерсти или пучок волос; прозвище могло относиться к человеку с неровной, клочковатой бородой или шевелюрой.

Модель образования типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой: владелец имения Скубово (или выходец из него) получал прозвание Скубовский. После разделов Польши и присоединения западных земель к Российской империи такие фамилии закрепились и среди крестьян, и среди мещан. Фамилия Скубовская — женская форма (для мужчины — Скубовский). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Скубо́вская.

Интересно, что фамилия не слишком распространена, что говорит о её локальном происхождении. Она могла возникнуть в одном-двух конкретных местечках, и её носители, вероятно, являются потомками одной ветви. Встречается фамилия преимущественно в западных областях России, в Беларуси и на Украине. Сравните с однокоренными: Скубов, Скубко, Скуба — все они восходят к тому же корню, но образованы по разным моделям (патронимической и уменьшительной).