Фамилия Скубовы хранит память о прозвище дальнего предка — Скуб. В его основе лежит диалектный глагол «скубти», который в смоленских, псковских и саратовских говорах означал «щипать, прясть», «скоблить, ощипывать птицу, драть за волосы, скубить кудель волокна», а в курских — «чесаться». Такое слово указывало сразу на два возможных пути происхождения прозвища.

Первая версия относит Скуба к «профессиональным» именованиям. Вероятно, основатель рода занимался прядением нитей или изготовлением ткани, ведь скубать кудель — значит подготавливать волокно для пряжи. Однако у этого прозвища была и другая сторона: «драть за волосы» — занятие не для тихого человека. Поэтому Скубом могли прозвать страстного, шумного предка, который был не прочь подраться. Обе трактовки равноправны, и без дополнительных данных сложно сказать, какая из них точнее описывает конкретного человека.

Родственные именования встречаются в исторических документах. В труде С. Б. Веселовского упоминаются крестьянин Скубило, живший в 1495 году в Новгороде, и крестьянин Скубятин (Скубятев) Андрей из Рязани. Эти примеры показывают, что основа «скуб-» была живой в разных землях и давала начало разным формам прозвищ. Прозвище Скуб закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Скубов.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель образования: так называли потомка по имени отца. Скубов буквально означает «сын Скуба». Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Скубов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.