Фамилия Субхонкулов — редкий пример тюркско-персидского гибрида, закреплённого русским суффиксом принадлежности. Её основа восходит к мужскому личному имени Субхонкул, которое состоит из двух частей. Первая, «субхон», — это арабо-персидское «субхан» (سبحان), означающее «святой», «пречистый», «славный». В исламской традиции это слово входит в формулу «Субханаллах» («Свят Аллах»), то есть несёт религиозный, возвышенный смысл. Вторая часть — «кул» (qul) — тюркское слово, переводимое как «раб» или «слуга». В составе имён оно указывало на подчинённость высшим силам: буквально «раб [Аллаха]». Таким образом, имя Субхонкул означает «раб Святого» или «слуга Пречистого», что типично для мусульманских имён-посвящений.

Словообразовательная модель фамилии — типично русская. К имени Субхонкул добавили патронимический суффикс -ов, который в славянской традиции означает «сын» или «принадлежащий». То есть Субхонкулов — это «сын Субхонкула». В русском языке фамилии на -ов — самые распространённые, и здесь они приспособили восточное имя к грамматике Российской империи, где требовалась фиксация рода и принадлежности.

Географически фамилия почти наверняка уходит корнями в Среднюю Азию, прежде всего в Узбекистан или Таджикистан. Имя Субхонкул (вариант Субханкул) до сих пор встречается у узбеков и таджиков, а суффикс -ов массово добавлялся к местным фамилиям в советский период при паспортизации 1920–1930-х годов. До этого у многих народов региона не было наследственных фамилий в европейском смысле — использовали личное имя с указанием отца (Субхонкул сын такого-то). При оформлении документов это отчество и стало фамилией.

Интересная деталь: в написании фамилии возможны варианты — Субханкулов или Субхонкулов. Разница в гласной «а» или «о» после «б» отражает диалектное произношение: в узбекском языке арабское «субхан» часто звучит как «субхон» из-за особенностей местной фонетики. Оба варианта имеют право на существование, но форма с «о» встречается реже и указывает на конкретный региональный говор.

Сословно предки Субхонкуловых, скорее всего, не относились к знати. Имя «кул» («раб») в составе обычно носили простые люди, а не аристократия. Однако религиозный оттенок «субхан» мог говорить о том, что носитель имени был из семьи, почитавшей исламские ценности. Фамилия не даёт оснований предполагать какое-то конкретное ремесло или занятие — она чисто патронимическая, без прозвищного подтекста.