Фамилия Сухоткина образована от прозвища Сухотка. В русских говорах «сухотка» — это не только болезнь (чахотка, туберкулёз), но и худой, сухой человек, либо тот, кто постоянно жалуется на «сухотку» (то есть на недомогание, хандру). Прозвища по физическим особенностям — один из древнейших пластов русских фамилий, и Сухотка стоит в одном ряду с Сухим, Сухановым или Сухоруковым. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сухоткины — потомки человека по прозвищу Сухотка.

Встречается и другая версия: в некоторых областях «сухоткой» называли сушёную рыбу или вяленое мясо. Тогда прозвище мог получить торговец или любитель такой еды, но эта гипотеза менее распространена — ономасты обычно склоняются к исходному значению «худой, сухой».

Фамилия не принадлежала к числу дворянских или широко известных. Её носители — в основном крестьяне и мещане центральных и северных губерний России. В XIX веке Сухоткины встречаются в переписях Вологодской, Костромской и Вятской губерний — регионах, где говор «сухотка» в значении «чахотка» был особенно употребителен. Интересно, что фамилия сохранила двойное ударение: в старых документах можно встретить как Су́хоткин, так и Сухо́ткин, что говорит о разном осмыслении основы (от «сухой» или от «сухота»).

В современном написании с окончанием -а (Сухоткина) — это женская форма, хотя в быту её часто используют как общую для всех членов семьи. Мужской вариант — Сухоткин — встречается реже, что связано с тем, что в XX веке женская форма закрепилась как основная в некоторых регионах.