Фамилия Сунайкина — женская форма фамилии Сунайкин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Основа «Сунайк(а)» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от какого-либо личного имени. Здесь есть две основные версии, и обе имеют под собой реальную почву.

Первая и самая вероятная: Сунайка — это производное от крестильного имени Сун (или Сунь), которое в русской традиции могло быть народной формой канонического имени Созонт (от греческого «спасающий»). Уменьшительные суффиксы -айк(а), -ейк(а) в русских фамилиях (как в Сун-айк-а) характерны для северных и вологодских говоров. В этом случае предок носительницы фамилии был Сунаем или Сунайкой — так в быту звали Созонта или, возможно, человека с другим именем, которое сократили до «Сун».

Вторая версия связывает фамилию с тюркскими корнями. Слово «сун» в тюркских языках может означать «воин», «копьё» или «доблесть». Суффикс -ай/-ей в тюркских именах часто образует ласкательные формы (сравните: Алтай, Каратай). Тогда Сунай — это «воинственный», «копьеносец», а Сунайкин — потомок человека с таким прозвищем. Однако в пользу первой версии говорит типично русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Сунайкин, то есть сын Сунайки. В тюркских фамилиях такой способ образования встречается реже.

Фамилия редкая, нечастотная. Географически её можно встретить в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали славянские и тюркские народы. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, но точных данных по конкретным ветвям нет. В написании возможны варианты через «о» (Сонайкин) — это следствие акающего произношения, когда безударная «у» звучит как нечто среднее между «о» и «а», но в документах закрепился именно вариант с буквой «у».