Фамилия Сунейкин — редкий пример, где прозвище образовано от глагола, а не от имени или профессии. В основе лежит диалектное слово «суне́йка» — так в некоторых русских говорах называли торопливого, непоседливого человека, того, кто «суется» не в своё дело, везде лезет. Глагол «сунуть» / «соваться» дал много прозвищ (Суета, Суворов, Суетин), но форма «Сунейка» встречается нечасто. Суффикс -ейк- здесь не уменьшительно-ласкательный, а скорее пренебрежительный или удивлённый, как в словах «копейка», «скамейка» или «зазнайка».

Фамилия образована по стандартной модели: к прозвищу Сунейка добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Сунейки». То есть первый носитель фамилии — прямой потомок человека по прозвищу Сунейка. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия могла закрепиться за крестьянином или посадским человеком в северных или центральных губерниях, где диалект сохранял слово «сунейка» в активном употреблении.

В современном русском языке фамилия встречается крайне редко. По данным переписей, основные очаги — Псковская и Тверская области, что подтверждает северо-западное происхождение корня. В официальных списках фамилий России Сунейкин не входит в первую тысячу, а носителей — не более нескольких сотен человек.

С точки зрения словообразования интересно, что параллельных фамилий с таким же корнем почти нет. Можно встретить Сунейко (украинский вариант с суффиксом -ко) или Сунейка (сама фамилия без суффикса), но Сунейкин — уникальная форма, указывающая именно на прозвище предка, а не на географическое название или профессию.