Фамилия Супекова — женская форма фамилии Супеков, которая образована по распространённой в тюркских языках модели с помощью суффикса -ов/-ев, указывающего на принадлежность. Основа фамилии — личное имя или прозвище Супек. Чтобы понять его происхождение, нужно обратиться к тюркской лексике, скорее всего, к казахской, башкирской или татарской языковой среде.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «супек», которое в некоторых диалектах означает «кость» или «скелет». Прозвище Супек мог получить человек с заметной худобой, высоким ростом и тонким телосложением — метафора, построенная на внешнем сходстве. Менее вероятна, но возможна связь с арабским именем Супек (вариант Субек), которое восходит к корню со значением «утро» или «рассвет», однако в тюркской ономастике такая этимология встречается редко.

Фамилия Супекова, как и её мужской вариант, наиболее характерна для народов Поволжья и Урала, особенно для башкир и татар. Встречается она и у казахов, но реже. География бытования подсказывает, что предки носительницы фамилии могли быть скотоводами или земледельцами, а само прозвище закрепилось за основателем рода в XVII–XIX веках, когда у тюркских народов активно формировались фамилии по русскому образцу.

Словообразовательная модель здесь проста: корень Супек + патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Никаких редких суффиксов или сложных морфологических переходов нет, что говорит о позднем и стандартном для Российской империи способе фиксации фамилий. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, можно вспомнить Супеева (от имени Супей) или Супрунова (от Супрун), но Супекова стоит особняком из-за прозрачной внутренней формы — она буквально «выдаёт» внешность предка.