Фамилия Супенкис звучит нехарактерно для русской среды, и это прямое указание на её происхождение. Это типичная фамилия еврейского (ашкеназского) корня, образованная по модели, распространённой среди евреев Восточной Европы, в частности на территории бывшей Речи Посполитой (современные Польша, Украина, Беларусь, Литва).

Ключевой элемент — суффикс -ис (или -ес). В идише этот суффикс часто использовался для образования фамилий от имён, прозвищ или названий профессий, выполняя роль, аналогичную русскому «-ов» или «-ин». Он указывает на принадлежность: «сын такого-то» или «относящийся к такому-то». Таким образом, Супенкис — это буквально «Супенков» или «Супенкин», если бы фамилия оформлялась по-русски.

Основа фамилии — Супен-. Здесь возможны две основные версии, и обе имеют право на существование. Первая: это вариант имени Шупин или Шупен, которое, в свою очередь, может быть уменьшительной формой от имени Шмуэль (Самуил) или Йосеф (Иосиф) в диалектах идиша. В таком случае фамилия означает «потомок Шупи». Вторая, более прозрачная версия: основа связана с глаголом или существительным из идиша или немецкого языка. Например, «зупен» (идиш) — «хлебать», «есть суп». Тогда прозвище Супен могло означать «супник», «любитель поесть», либо относиться к человеку, который варил или продавал суп. Прозвища по пищевым пристрастиям или роду занятий были очень распространены.

Фамилия не является ни дворянской, ни крестьянской в классическом русском понимании. В Российской империи еврейские фамилии были введены в обиход в конце XVIII — первой половине XIX века, и Супенкис — искусственное, канцелярское образование, которое закрепилось за конкретной семьёй при переписи. Географически она тяготеет к Волыни, Подолью и Гродненской губернии — местам компактного проживания еврейского населения.

Если сравнивать Супенкис с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Супин, Супеник, Супенков (встречаются у русских и украинцев). Но именно суффикс -кис выдает в Супенкис ашкеназское происхождение. В современной России и странах СНГ фамилия редкая, её носители — почти всегда потомки тех самых местечковых евреев, чьи предки получили фамилию сто пятьдесят-двести лет назад.