Фамилия Сусенков — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная основа. Если отбросить типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Сусенка), то перед нами остается корень Сусенк-. В нем, в свою очередь, легко заметить уменьшительно-ласкательный суффикс -енк-, характерный для восточнославянских прозвищ и имен (сравните: Козленок, Иваненко). Значит, в основе фамилии лежит имя или прозвище Сусенко, которое затем обрусело, получив окончание -ов.

Самая вероятная версия происхождения прозвища Сусенко связана с диалектным словом «сусло» — сладковатый отвар из муки и солода, основа для пива, кваса или браги. В этом случае Сусенком могли называть либо любителя этого напитка, либо, что более правдоподобно, человека, который его готовил — пивовара, солодовника или квасника. Такие прозвища по роду занятий были широко распространены, а суффикс -енко в украинской и белорусской традиции часто прикреплялся именно к названиям ремесел, обозначая молодого мастера или сына мастера.

Менее распространенная, но возможная гипотеза отсылает к личному имени Сусей (каноническое Евсевий, в народной форме Сусей, Сус). В таком случае Сусенко — это «маленький Суся», то есть сын или младший родственник человека с этим именем. Однако имя Сусей встречается редко, поэтому ремесленная версия выглядит весомее.

Географически фамилия Сусенков тяготеет к южным и центральным регионам России, а также к зоне бывшего расселения украинцев и белорусов. Суффикс -енко, а затем его обрусение через -ов — типичная модель для фамилий, возникших на стыке культур: в среде однодворцев, казачества или переселенцев из Малороссии. Таким образом, предок Сусенковых с высокой долей вероятности жил на южной границе Русского государства, занимался варкой сусла или носил соответствующее прозвище, которое закрепилось за его потомками как фамилия.