Фамилия Сусиденко образована от украинского прозвища Сусид, что значит «сосед». Так в старину могли называть человека, перебравшегося в село из соседней деревни: чужого, но не дальнего, того, кто живёт рядом. Прозвище закреплялось за семьёй и со временем превратилось в наследственное имя.

В основе фамилии — украинское слово «сусід» (сосед). Формант -енко — типичный украинский патронимический суффикс, который указывает на происхождение по отцу: Сусиденко буквально значит «сын Сусида». Такая модель была широко распространена на Левобережной Украине и в южных регионах, где фамилии с -енко встречались едва ли не у каждого второго.

Есть и вторая, менее очевидная версия. Прозвище Сусид могли дать не переселенцу, а сироте, которого воспитывали соседи. В крестьянской среде, где родственные связи значили много, такой ребёнок получал прозвание по тем, кто его приютил. Эта гипотеза правдоподобна, но уступает первой: прозвища по месту жительства или происхождению встречаются чаще, чем прозвища по обстоятельствам воспитания.

Стоит заметить, что фамилия Сусиденко — не единственная в этом ряду. Родственные ей Сусид, Сусидко, Сусидов, Сусидовский образованы от той же основы и различаются лишь суффиксами. Такое разнообразие говорит о том, что прозвище Сусид было в ходу в разных местностях и не закрепилось за одним родом.

Сам суффикс -енко в фамилии Сусиденко указывает на время её появления. Массово такие фамилии формировались в XVI–XVII веках, когда казацкая старшина и крестьяне начали обзаводиться наследственными именованиями. Поначалу прозвище Сусид присоединяли к личному имени, но со временем оно вытеснило его и в быту, и в документах. Так потомки человека, которого окружающие знали как соседа, стали Сусиденко.

Сведений о конкретных известных носителях фамилии мало, и это нормально: Сусиденко — фамилия с локальным распространением, типичная для украинских сёл. Она не попала в крупные дворянские родословные, зато сохранилась в народной среде, где и возникла.