Фамилия Сусюнина — женская форма, а её носительницы, скорее всего, потомки человека по фамилии Сусюнин. Сама же мужская фамилия Сусюнин образована по типичной для русского севера и части Сибири модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный, с помощью суффикса -ин. В данном случае основа — Сусюня.

Что стоит за этим прозвищем? Вероятнее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от редкого нецерковного имени Сусой. В старину имя Сусой (от греческого Сосий, «здоровый, спаситель») встречалось у крестьян, но со временем почти исчезло, сохранившись лишь в фамилиях. Сусюня — это «Сусой» в домашнем, обиходном варианте, как, скажем, Ванюня от Иван. Фамилия Сусюнин тогда означает «сын Сусюни», то есть потомок человека, которого в быту звали Сусюней.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным глаголом «сусюкать» — говорить невнятно, шепелявить. В этом случае прозвище Сусюня могли дать человеку с картавостью или неразборчивой речью. Однако такая трактовка встречается реже, поскольку фамилия явно тяготеет к северным и центральным областям России, где форма имени на -юня была более распространена, чем прозвищный суффикс.

Географически фамилия Сусюнин (и, соответственно, Сусюнина) встречается в основном в Вологодской, Кировской и Архангельской областях — на территории бывших новгородских земель. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от личного имени, так как именно в этих краях хорошо сохранились старые русские имена и их производные. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Сусюнин, но для женской формы литературная норма закрепила двойную «нн»: Сусюнина.

Так что, если вы встретили носительницу этой фамилии, перед вами, скорее всего, потомок человека по имени Сусой, которого в кругу семьи звали ласково Сусюней. Фамилия редкая, и в ней нет ни тени дворянского происхождения — это чисто крестьянская, бытовая «отчество», застывшая в паспорте.