Сесем (или Сесюней) в псковских и тверских говорах называли человека, который часто передразнивал других, насмешника, шута. Однако не исключено, что в основе этой фамилии лежит слово «сесь» в значении «сейчас, теперь». Тогда это прозвище мог получить человек, живущий одним днем, не думающий о будущем. Менее вероятно, что фамилия Сесюнина связана с итальянской монетой сесино. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сесюней, со временем получил фамилию Сесюнина.