Фамилия Сесюнин происходит от прозвища Сесюня, которым в псковских и тверских говорах называли человека, склонного передразнивать других, насмешника или шута. Скорее всего, эта фамилия указывает на черты характера основателя рода: прозвище закреплялось за тем, кто любил острить и копировал чужие манеры, а уже его потомки со временем получили фамилию Сесюнин.

Но есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В тех же говорах встречалось слово «сесь» — «сейчас, теперь». Если основа фамилии связана с ним, то прозвище Сесюня мог получить человек, живущий одним днем, не задумывающийся о будущем. Правдоподобнее выглядит первая версия: прозвища от глаголов и слов, описывающих поведение, встречаются чаще, чем от наречий времени, а суффикс -юн-/-юн- в северо-западных говорах активно образовывал именно такие прозвища, как Болтун, Молчун или Сесюня.

Сама модель образования фамилии проста: к прозвищу Сесюня добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на прямое родство: Сесюнин — сын Сесюни. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в северных и центральных регионах, где преобладала форма на -ин, в отличие от южных, где чаще использовали -ов/-ев.

Среди носителей фамилии есть человек, оставивший заметный след в уральской журналистике. Сесюнин Валерий Георгиевич (1939–1993) — декан факультета журналистики Уральского государственного университета в 1981–1986 и 1990–1993 годах, организатор и первый заведующий кафедрой телевидения и радиовещания (1992–1993). Он читал курсы «Основы радиотелевизионной журналистики» и «Методика конкретных социологических исследований в печати», а современники вспоминают его как педагога-гуманиста, который умел сочетать строгость с уважением к студенту.

Фамилия редкая, в общероссийских справочниках массово не встречается, что лишний раз подтверждает её локальное происхождение — скорее всего, корни рода лежат на стыке Псковской и Тверской земель, где и бытовало исходное прозвище.