Фамилия Сесюгин — редкая и с неочевидной на первый взгляд этимологией. В ней нет типичного отчества от крестильного имени, и она не связана с распространёнными ремёслами. Ключ к разгадке — суффикс -юг-, который в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, образованное по модели, характерной для северных и вологодских говоров.

Основа фамилии — «Сесюга». Это прозвище, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «сесюкать» или «сесюкать» — то есть картавить, шепелявить, не выговаривать часть звуков. В севернорусских говорах так могли назвать человека с невнятной, «сюсюкающей» речью. Суффикс -юг- (как в фамилиях Ветрюгин, Костюгин) придаёт прозвищу оттенок пренебрежения или иронии: Сесюга — буквально «шепелявый», «сюсюка». Модель образования типична для некалендарных имён: сначала прозвище на -юга, затем фамилия с патронимическим суффиксом -ин.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем Сисой (греч. «равный»). В народном произношении имя Сисой могло исказиться до «Сесой», а затем через суффикс -юг- дать прозвище Сесюга. Но тогда ожидалась бы форма Сесюгин от имени Сесюга, а не напрямую от Сисоя. Кроме того, имя Сисой было распространено в среде духовенства, а фамилия Сесюгин в этой среде не фиксируется.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу. В переписях XVII–XVIII веков прозвище Сесюга встречается в Вологодской и Архангельской губерниях. Сесюгины — почти наверняка потомки крестьян или посадских людей из этих мест. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что подтверждает её происхождение от бытового, а не книжного прозвища.

Таким образом, Сесюгин — это «сын Сесюги», то есть потомок человека, которого за особенности речи дразнили «шепелявым». Фамилия — живое свидетельство того, как в русской деревне меткое прозвище превращалось в родовое имя и закреплялось за целым родом.