Фамилия Сюпкаев образована от прозвища Сюпкай, которое восходит к белорусскому нарицательному «супакой» — «спокойствие». Скорее всего, такое прозвище закрепилось за человеком спокойным, скромным, не склонным к ссорам и суете. То есть в основе фамилии лежит не имя и не ремесло, а черта характера, которую окружающие сочли главной в предке Сюпкаевых.

Слово «супакой» — характерный пример белорусского произношения, где начальное «сп» смягчается и получает призвук «у». При переносе в русскую среду прозвище Сюпкай сохранило этот фонетический облик, а фамильный суффикс -ев добавил ему форму притяжательного прилагательного: Сюпкаев — буквально «сын Сюпкая», «из семьи Сюпкая». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, которые оканчивались на -ай: Сюпкай → Сюпкаев, как, например, Бородай → Бородаев или Литвай → Литваев.

Прозвища, указывающие на характер, в старину давали не для того, чтобы похвалить или обидеть человека, а чтобы быстро и точно выделить его среди соседей. Тихого и невозмутимого крестьянина могли назвать Сюпкаем, и это прозвище переходило к его детям и внукам уже как семейное имя. Со временем, когда прозвища начали закрепляться в качестве официальных фамилий, потомки Сюпкая стали писаться Сюпкаевыми.

Белорусское происхождение основы говорит о том, что предки Сюпкаевых, вероятно, жили на западе России или на белорусских землях, а затем переселились в русские губернии. В документах фамилия могла писаться по-разному — через «у» или через «о» (Сопкаев), но устоявшееся написание Сюпкаев сохранило именно белорусское звучание исходного слова. Стоит отметить, что в русских говорах встречается и слово «супокой» в значении «покой, отдых», что не меняет общего смысла: основа фамилии связана с идеей спокойствия и уравновешенности.