Фамилия Сюпкаева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Это не фамилия, разбросанная по всей России, а локальное, «гнездовое» явление. Подавляющее большинство носителей сосредоточено в одном месте — в Дагестане, в частности среди кумыков. Поэтому первая и самая рабочая гипотеза: фамилия тюркская, а не славянская.

Основа здесь — мужское имя или прозвище Сюпкай. В тюркских языках корень «сюп» может восходить к слову со значением «сор», «мусор» (ср. кумыкское «сюп»). Звучит нелестно, но в ономастике такие «обережные» имена — обычное дело. Родители могли назвать мальчика Сюпкаем, чтобы отвести от него сглаз: мол, не ценное дитя, а сор, злые силы не позарятся. Суффикс «-кай» — уменьшительно-ласкательный, типичный для тюркских имён (ср. Ахметкай, Умаркай). Фамилия образована по русской модели: к основе Сюпкай добавили патронимический суффикс «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягкого согласного), а затем женское окончание «-а». То есть Сюпкаева — дочь или жена человека по имени Сюпкай.

Версия о славянском происхождении маловероятна. В русских говорах нет слова «сюпка» или «сюпкать», которое могло бы дать такую фамилию. Вариант с искажением фамилии Субботина (через Сюпкина) — натяжка, не подтверждённая ни статистикой, ни логикой перехода звуков. Другие тюркские параллели, например с башкирским «сюп» (пометка, грань), тоже уводят в сторону от главного ареала фамилии.

Таким образом, Сюпкаева — это тюркская по корню и русская по оформлению фамилия, закрепившаяся в кумыкской среде. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком по имени Сюпкай, а сама фамилия — прямое указание на его потомков. Других версий, которые выдерживали бы проверку географией и словообразованием, на сегодняшний день нет.