Фамилия Тафуни — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не славянский, а греческий или итальяно-греческий корень. Суффикс -и характерен для фамилий, образованных от прозвищ или имен в южноевропейских языках, особенно в греческом (сравните фамилии на -опуло, -иди, -аки). В русском контексте такая фамилия могла появиться у потомков греческих переселенцев, например, из Приазовья или Крыма, или у выходцев из Италии, где окончание -и типично для фамилий.

Самая вероятная версия связывает Тафуни с греческим словом «тафос» (τάφος) — «могила», «погребение». Прозвище Тафуни могло означать «могильщик» или «тот, кто живет у кладбища». В греческих селах такие прозвища давали по роду занятий или по месту жительства, и они закреплялись за семьей. Менее правдоподобна, но возможна связь с итальянским «taffare» (набивать, затыкать) — прозвище для человека, занимавшегося затычкой бочек или упаковкой товаров, но эта версия слабее, так как фамилия не встречается в массовых итальянских списках.

В русском языке фамилия Тафуни не склоняется по падежам (как и другие фамилии на -и), что указывает на её иноязычное происхождение. Встречается она крайне редко, в основном на юге России и в крупных городах с историческими греческими общинами. Носители фамилии могли быть потомками греческих купцов, ремесленников или священнослужителей, которые переселялись в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских книгах — это типичная фамилия «простого» сословия, образованная от ремесленного или бытового прозвища.

Поскольку фамилия уникальна, её носителям стоит обратить внимание на записи в метрических книгах греческих приходов (например, в Мариупольском уезде) или на итальянские записи — там может сохраниться первоначальная форма. В современной России Тафуни — это фамилия-память о южных корнях, а не о русском крестьянстве или служилом дворянстве.