Фамилия Тафуня — редкий случай, когда прозвище застыло в исходной, почти неизменной форме, без типичных русских фамильных суффиксов. Обычно фамилии оканчиваются на -ов, -ин или -ский, но здесь мы видим чистую основу, что наводит на мысль о её украинском, белорусском или южнорусском происхождении. В этих регионах фамилии без суффикса — не редкость, особенно если прозвище было ярким и запоминающимся.

Корень «таф-» не принадлежит к общеславянской лексике, что указывает на заимствование или диалектное слово. Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским «таф» или «тап» — «находить», «добывать», «доставать». В южнорусских говорах и украинском языке «тафуня» могло означать человека, который умеет «достать» что угодно, добытчика, ловкача или даже проныру. Прозвище могло быть как уважительным (умелец), так и ироничным (хитрец).

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия — связь с румынским или молдавским словом «taf» — «табак», «нюхательный табак». В Молдавии и на юго-западе Украины прозвище Тафуня могли дать заядлому курильщику или нюхальщику табака. Эта версия объясняет и необычное окончание -уня, характерное для ласкательных или уменьшительных форм в молдавском и украинском языках (сравните: «мамуня», «татуня»).

Обратите внимание на суффикс -ун(я). В русском языке он часто образует прозвища от глаголов (болтун, ворчун, крикун), но здесь основа не глагольная, а именная. Это дополнительный аргумент в пользу иноязычного происхождения: суффикс мог быть приставлен к заимствованному корню по аналогии с местными моделями.

География фамилии сегодня размыта, но по косвенным данным (схожие фамилии Тафуй, Тафунов) её ядро — юг России, Украина и, возможно, Молдавия. Встречаемость крайне низкая, что делает Тафуню одной из тех фамилий, которые почти не изменились за 200–300 лет. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, получившего прозвище за особую сноровку или привычку, а фамилия просто закрепилась в документах без дополнительных формальностей.