Фамилия Тамнеева — женская форма фамилии Тамнеев, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — слово «тамга», которое в тюркских языках имеет широкий спектр значений: от родового знака или клейма до печати, пошлины или даже государственного герба. В древнерусской и ордынской административной практике «тамга» обозначала торговую пошлину, а сборщик такого налога назывался «тамжей» или «тамгачом». От этого слова образовалось и личное прозвище Тамга, которое мог получить либо торговец, плативший пошлину, либо сам сборщик.

Модель образования фамилии через суффикс -ев (Тамн-еев) указывает на принадлежность: «чей?» — Тамнеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Тамня. Форма Тамня — это, скорее всего, русская адаптация тюркского корня, где конечное «а» перешло в мягкое окончание, характерное для уменьшительных или обиходных имён. В таком случае Тамня — это ласкательная или просторечная версия прозвища Тамга. Суффикс -ев, а не -ин, подсказывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или йот.

В русском языке есть и более известная однокоренная фамилия — Тамгин. Она образована напрямую от слова «тамга» с тем же суффиксом -ин. Тамнеева — редкий вариант, который мог закрепиться в конкретном регионе, где тюркское влияние на местные говоры было особенно сильным. Например, в Поволжье, Приуралье или на юге России, где контакты с татарами, башкирами и другими тюркскими народами были повседневными. Социальная среда носителей фамилии, скорее всего, была смешанной: предки могли быть как служилыми людьми (сборщиками пошлин), так и торговцами или ремесленниками, чья деятельность была связана с уплатой тамги.

Другие версии, например, связь фамилии с личным именем Тамм (встречающимся у народов Кавказа) или с русским диалектным словом «тамный» (тёмный, скрытный), менее убедительны. Тюркская основа «тамга» — самая прозрачная и подтверждённая историческими реалиями, поэтому её стоит считать основной.