Фамилия Таможенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «сын» или «потомок». В данном случае — сын таможенника. Основа здесь прозрачная: «таможня» и производное от неё «таможенник». Человек, первым получивший такое прозвище, скорее всего, служил на таможне — собирал пошлины, досматривал товары или занимался учётом. В XVI–XVIII веках на южных и западных рубежах Русского государства и Речи Посполитой таможенная служба была делом хлопотным, но доходным, и прозвище Таможенник легко закреплялось за конкретным родом.

Необычность фамилии в том, что она образована не от имени или профессии в чистом виде, а от уже готового прозвища, которое само по себе было отыменным. То есть сначала появилось слово «таможенник» как обозначение должности, потом оно стало прозвищем, а уже от него — фамилия Таможенко. Это отличает её, скажем, от Таможникова, где суффикс -ов указывает на прямое отчество от прозвища Таможник.

Географически фамилия тяготеет к восточной и центральной Украине — Черниговщине, Полтавщине, Сумщине. Встречается она и в южных областях России, куда переселялись казаки и крестьяне в XVIII–XIX веках. В реестрах запорожских казаков фамилия не фиксируется, но в метрических книгах XIX века Таможенко уже обычна — значит, к тому времени прозвище успело закрепиться и стать наследственным.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «таможня» могло звучать как «томожня», поэтому в старых документах встречаются варианты Томоженко. Это не опечатка, а диалектное произношение, которое потом выправилось под влиянием литературной нормы. Сегодня Таможенко — фамилия довольно редкая, но узнаваемая благодаря прозрачной семантике: любой сразу догадается, что предок был причастен к таможенному делу.