Фамилия Тайдугина — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или монгольская, но оформлена по русской модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Тайдугин — это «сын Тайдуги» или «человек из рода Тайдуги». Сама основа «Тайдуга» восходит к тюркскому или монгольскому мужскому имени Тайду, где «тай» — жеребёнок (в переносном смысле — молодой, резвый), а суффикс -га/-гу — уменьшительный или ласкательный. Таким образом, Тайдуга — это «жеребёночек», «маленький резвый». В тюркской ономастике имена с корнем «тай» (например, Тайбуга, Таймас) были распространены у народов Поволжья, Сибири и Средней Азии.

На русском Севере и в Приуралье фамилии на -ин от тюркских основ — не редкость. Тайдугины могли появиться в среде служилых татар или башкир, перешедших на русскую службу в XVI–XVII веках, либо среди крещёных инородцев. Географически фамилия встречается в основном в Пермском крае, Удмуртии и Башкортостане — регионах, где веками жили коми-пермяки, удмурты и татары, заимствовавшие друг у друга имена и прозвища. В документах XVIII века встречаются крестьяне с именем Тайдуга, но фамилия закрепилась уже позже, при переходе к паспортной системе.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа не от «тай» (жеребёнок), а от диалектного русского слова «тайдук» — так в некоторых говорах называли ленивого или неповоротливого человека. Но для этой гипотезы мало подтверждений, а тюркский корень объясняет фамилию проще и надёжнее, учитывая ареал её бытования. В любом случае, Тайдугина — фамилия с неславянским ядром, которое вобрало в себя местную историю и языковые контакты Урало-Поволжья.