Фамилия Тимоганова интересна прежде всего своей редкостью и неочевидной корневой структурой. В ней сразу слышится что-то нестандартное: основа «Тимоган» выглядит как полное личное имя, а не как привычное Тимофей или Тимошка.

Вероятнее всего, в основе лежит разговорная или диалектная форма крестильного имени Тимофей. В русских говорах имя нередко обрастало добавочными суффиксами, и «Тимоган» могло возникнуть как экспрессивный вариант: Тимофей → Тим(а) + -оган (по аналогии с другими народными формами вроде Варфоломей → Фоломан, или Ермолай → Ермак). Суффикс -ган в русских прозвищах и именах встречается, хоть и не массово, придавая основе оттенок простонародности или даже шутливости. То есть Тимоган — это то же, что Тимоха, но с другим суффиксальным оформлением.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: от полного прозвища Тимоган через притяжательный суффикс -ов (Тимоганов) и далее женская форма Тимоганова. Такую фамилию могли дать сыну, внуку или жене человека по прозвищу Тимоган.

Менее вероятная, но лингвистически допустимая версия — связь с тюркскими корнями. В татарском или башкирском языке есть имя Тимерхан (железный хан) или Тимергали, которые на русской почве могли переосмыслиться в Тимоган. Однако такая версия слабее: фамилия не встречается массово в регионах Поволжья и не имеет характерных для тюркских фамилий суффиксов (-ов/-ев там тоже есть, но сочетание «Тимоган» не типично для тюркского именослова). Поэтому версия с русским диалектным Тимофеем выглядит убедительнее.

Фамилия Тимоганова — недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. Она не фиксируется в старых родословных книгах, что указывает на позднее оформление (XVII–XIX века) и локальное бытование. Сейчас носители этой фамилии встречаются рассеянно, без выраженного регионального гнезда, что типично для фамилий, образованных от редких прозвищ.