Фамилия Тимухина образована от имени Тимуха — просторечной, обиходной формы канонического имени Тимофей. В переводе с греческого Тимофей означает «почитающий Бога». Такие сокращённые имена в старину были обычным делом: полное имя использовали в церковных записях, а в быту человека звали коротко и по-свойски. Отсюда же пошли и другие фамилии — Тимохин, Тимофеев, Тимашов.

Судя по модели образования, фамилия Тимухина — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Тимухин, то есть сын, потомок Тимухи. Такая схема типична для русских фамилий, сложившихся в крестьянской и посадской среде в XVI–XVII веках. Дворянские роды чаще использовали суффиксы -ов/-ев или -ский, а вот формы на -ин, как правило, выдавали человека из простого сословия. Поэтому можно с уверенностью сказать: основатель рода Тимухиных был не знатного происхождения, а из крестьян, ремесленников или служилых людей низших разрядов.

Интересно, что имя Тимуха не стоит путать с тюркским Тимур («железо») — созвучие обманчиво. Русская традиция сокращать Тимофея до Тимухи сложилась самостоятельно, и корень здесь чисто греческий, через церковнославянское посредство. В некоторых говорах, особенно в северных и поволжских областях, форма Тимуха встречалась чаще, чем в центральных, что могло закрепить фамилию в определённых регионах.

Сама фамилия Тимухина — женская форма, а мужская, Тимухин, фиксируется в документах начиная с XVII века, когда фамилии только начинали закрепляться за отдельными семьями. В переписных книгах того времени можно встретить крестьян с таким прозвищем-именем, но конкретных знаменитых носителей фамилия не дала — это типичная родовая фамилия, каких тысячи, и её ценность не в громкой истории, а в том, что она сохранила живую народную форму имени, которое давно вышло из обихода.