Фамилия Тогонидзе почти наверняка грузинского происхождения, и её разбор стоит начать с суффикса. Компонент -дзе — один из самых распространённых в грузинской ономастике, он означает «сын» и восходит к древнегрузинскому слову. Такие фамилии особенно типичны для Западной Грузии (Имеретия, Гурия, Мегрелия). Таким образом, Тогонидзе буквально значит «сын Тогона».

Сложнее с основой Тогон-. В грузинском языке это не каноническое христианское имя и не очевидное нарицательное слово. Самая правдоподобная версия: Тогон — это грузинская народная форма греческого имени Деметрий (Димитрий). В грузинском языке имя Димитрий часто сокращалось и видоизменялось, давая варианты вроде Дото, Дотон, а через чередование согласных и переход глухого/звонкого — Тотон, Тогон. Такие переходы (Д → Т, озвончение) в народной речи обычны. Если эта версия верна, фамилия означает «потомок Димитрия».

Менее вероятная, но встречающаяся гипотеза связывает основу с тюркским словом «тоган» — «сокол». Грузия долго соседствовала с тюркскими народами, и прозвища по названиям птиц были распространены, но для грузинской фамильной модели это редкий случай, к тому же имя Тогон как прозвище сокольника не фиксируется в известных источниках так же часто, как производные от Димитрия.

В написании фамилии важно не путать её с похожей, но другой фамилией Тогонян (армянской) или Тогонов (русской, из крещёных грузин или осетин). Грузинский суффикс -дзе однозначно указывает на этническое происхождение. Носители фамилии Тогонидзе встречаются и в современной Грузии, и в России, куда она попала в ходе миграций XIX—XX веков. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и князьями — суффикс -дзе сам по себе социального статуса не обозначал, его носили все слои.