Фамилию Тохтамишян не встретишь в центральной России, и это сразу подсказывает её происхождение. Она образована по армянской модели с суффиксом -ян, который указывает на принадлежность к роду или потомка. В русской передаче окончание иногда пишут как -янц, но в данном случае закрепился вариант на -ян. Основа фамилии — личное имя Тохтамиш.

Само имя Тохтамиш имеет тюркские корни и восходит к монгольскому хану Тохтамышу (конец XIV века), известному по событиям на Руси: именно он сжёг Москву в 1382 году. Однако в армянскую среду имя попало не напрямую от хана, а через тюркские языки Кавказа и Закавказья, где оно бытовало как мужское имя. В переводе с тюркского «Тохтамыш» означает «остановившийся, устоявший» или «крепко стоящий» — то есть прозвище, которое давали стойкому, надёжному человеку.

Носители фамилии Тохтамишян — это, скорее всего, потомки армян, живших в регионе, где смешивались армянские и тюркские языки: в Нагорном Карабахе, Зангезуре или среди армянской диаспоры в Грузии. Фамилия не дворянская и не княжеская — её носили ремесленники, крестьяне или торговцы, а имя-прозвище закрепилось за родом ещё в XVIII–XIX веках, когда армяне массово получали фамилии с суффиксом -ян.

Интересная деталь: в отличие от многих армянских фамилий, образованных от профессий (Дарбинян — кузнец) или христианских имён (Петросян), Тохтамишян сохранила тюркскую основу. Это говорит о том, что предки жили в полиэтничной среде, где армянские и тюркские имена свободно заимствовались. Встречается ли фамилия за пределами Кавказа — данных мало, но в Армении и среди диаспоры она редкая, не массовая.