Фамилия Тохунц — армянская, и её окончание сразу выдает родовую принадлежность: в армянском языке такие фамилии (по-армянски «азганун») означают имя клана. Скорее всего, фамилия образовалась от имени Тох, которое, в свою очередь, восходит к осетинскому слову «тох» — «борьба», «война». Подобные имена давали мальчикам с пожеланием мужества и смелости, поэтому первый носитель фамилии, вероятно, был воином или человеком, известным своей отвагой.

Есть и другая версия происхождения. В основе фамилии может лежать прозвище Тох, образованное от ингушского глагола «тох» — «забить, вбить», «попасть (в кого)», «стукнуть», «ударить». В этом случае прозвище указывает на характер или род занятий: вполне вероятно, что основатель рода Тохунц был человеком хозяйственным и любую мужскую работу по дому выполнял на совесть — плотницкую ли, кузнечную ли.

Третья гипотеза связывает прозвище с адыгейским словом «тох». Так в XIX веке называли тфокотлей (фокотлов, тлухотлов) — свободных крестьян, входивших в адыгскую сельскую общину и разбогатевших торговлей и ремеслами. В отличие от практически бесправных сословий, тфокотли имели право голоса на общем собрании общины и могли владеть рабами, но при этом обязаны были выполнять повинности в пользу знатных сословий. Если принять эту версию, прозвище Тох указывало не на личные качества, а на социальный статус основателя рода — человека свободного, но обязанного нести определенные обязательства перед знатью.

Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно. Армянская фамилия с осетинским или ингушским корнем не редкость: народы Кавказа веками жили рядом, и имена, прозвища и слова переходили из языка в язык. Адыгейская версия интересна, но менее вероятна: она объясняет скорее социальное положение, тогда как имя Тох в осетинской традиции выглядит естественнее как личное имя с пожеланием силы. Впрочем, не исключено, что разные ветви рода получили прозвище независимо друг от друга и по разным причинам.

Сама фамилия Тохунц образована по армянской модели с суффиксом -унц, который указывает на принадлежность к роду или клану. Такой формант характерен для восточноармянских фамилий, особенно распространенных в Нагорном Карабахе и Сюнике. Это значит, что предки Тохунц, скорее всего, жили в этих регионах, где тесно переплетались армянская, осетинская и ингушская культуры.