Фамилия Токтаганов образована от тюркского мужского имени Токтаган. В основе лежит тюркский корень «токта-» со значением «остановись», «стой». Имя Токтаган в традиционной культуре давали ребенку с пожеланием, чтобы он «остановил» череду смертей в семье — то есть родился и выжил, чтобы продолжить род. Это так называемое охранительное, или профилактическое, имя, распространенное у многих тюркских народов: казахов, киргизов, татар, башкир, ногайцев.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась у тюркских народов после вхождения их земель в состав Российской империи. Фамилии на -ов от тюркских имен в XIX — начале XX века массово фиксировались при переписях и паспортизации. Таким образом, Токтаганов — это «сын Токтагана» или «потомок Токтагана».

С точки зрения географии фамилия чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, проживающих в России — в Астраханской, Оренбургской, Омской областях. Встречаются варианты написания: Токтаганов — более русифицированная форма, и Токтаган — без суффикса, что характерно для казахской ономастики.

Интересная деталь: имя Токтаган не стоит путать с внешне похожим именем Токтар, которое означает «сытый», «достаток». Токтаган — это именно глагольная форма в повелительном наклонении, что делает фамилию отсылкой к конкретному обряду имянаречения, а не к качеству или профессии предка. Социального статуса основатель фамилии, скорее всего, не имел высокого — такие имена чаще давали в простых кочевых семьях, где детская смертность была высокой и требовалась магическая защита.