Фамилия Токтаганова — женская форма от мужской Токтаганов, и её основа ведёт нас в тюркский мир, скорее всего, к казахским или татарским корням. В центре фамилии лежит личное имя Токтаган, которое состоит из двух частей: «токта» (стой, остановись) и «ган» (суффикс, образующий причастие или имя). Буквально имя можно перевести как «остановившийся» или «стойкий». В тюркской ономастике такие имена-пожелания были распространены: родители могли назвать так ребёнка, чтобы остановить череду смертей в семье или чтобы дитя росло спокойным, не знало бед.

Суффикс -ов/-ев в фамилии — стандартный русский патронимический формант, который присоединяли к тюркским именам при русификации. Носительницы фамилии Токтаганова — потомки человека по имени Токтаган. Важно, что в самом имени нет суффикса принадлежности (как, например, в фамилиях на -улы/-кызы), поэтому фамилия — результат позднего документального оформления, когда тюркское имя записали по русским бюрократическим шаблонам.

Географически фамилия встречается в Казахстане, среди татар и башкир, а также в регионах России с тюркским населением — например, в Оренбургской, Астраханской областях. Встречаются варианты написания Токтаганова и Тохтаганова, что связано с особенностями произношения глухих и звонких согласных в разных диалектах.

Словообразовательная модель проста: личное имя + русский суффикс. Но в отличие от фамилий, образованных от профессий или прозвищ (Кузнецов, Смирнов), Токтаганова — чистый патроним, который ничего не говорит о роде занятий предка. Единственное, что можно предположить: предок жил в среде, где тюркские имена ещё не вытеснили арабские или персидские, и имя было вполне обычным для своего времени. Никакой тайны или сложной этимологии здесь нет — перед нами пример того, как имя-оберег стало фамилией.