Фамилия Томинкин образована по очень редкой для русских фамилий модели — с помощью двойного суффикса -ин + -кин. Обычно фамилии с окончанием на -ин (Иванов → Иванин, Пётр → Петрин) и на -кин (Фома → Фомкин, Кузьма → Кузькин) существуют отдельно. Сочетание же двух суффиксов встречается в единичных случаях и говорит о том, что фамилия могла возникнуть не в центральных великорусских губерниях, а на северо-западе или в среде, где активно смешивались разные диалектные традиции.

Основа фамилии — мужское имя Тома, которое в русской традиции является просторечной формой канонического имени Фома (от арамейского «близнец»). В северных и северо-западных говорах начальное «ф» часто заменялось на «т» (Фёдор → Тодор, Филипп → Тилип), поэтому Тома — это именно местный вариант имени Фома. От него образовали сначала отчество Томин (чей? — Томин сын), а затем к этому отчеству добавили ещё один суффикс принадлежности -кин, получив Томинкин. Буквально: «внук Томы» или «потомок Томина».

Встречается версия, что основа могла быть иноязычной — от тюркского или финно-угорского личного имени Том (сравните с коми-пермяцким «том» — молодой, юный). Но для русской фамилии более вероятно объяснение через имя Фома, тем более что модель с двойным суффиксом (Пашинкин, Сашинкин) известна именно в русской ономастике как маркер позднего закрепления фамилии: сначала отчество, потом уже фамилия от этого отчества.

Носители фамилии Томинкин исторически концентрируются в Поволжье — в Нижегородской и Костромской губерниях. В XIX веке крестьяне с такой фамилией записаны в селах Макарьевского и Ветлужского уездов. Сословно — почти исключительно государственные крестьяне, не крепостные. Фамилия редкая, в современной России её носят не более нескольких сотен человек, в основном в Нижегородской области и Чувашии.