Фамилия Топенова — женская форма фамилии Топенов, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Топенов», то есть сын или потомок человека по прозвищу Топен.

Ключ к происхождению — в основе «Топен-». Здесь возможны два основных направления, и оба связаны с бытовой речью. Первое: от глагола «топить» — в значении «нагревать, растапливать печь» или «заставлять тонуть». Прозвище Топен мог получить истопник, кочегар, либо, в переносном смысле, человек, который «топит» других (например, в судебных тяжбах или в прямом смысле — на воде). Второе, более вероятное в русской ономастике: связь со словом «топь», «топкий». Топен — житель болотистой местности, у топи. Такие прозвища по месту жительства (как Болотников, Заболотский) были широко распространены.

Менее распространённая, но не исключённая версия — происхождение от крестильного имени. В святцах есть имя Топен (греческого происхождения, от слова «место»), но оно крайне редкое, и фамилии от него встречаются реже, чем от прозвищ. Скорее всего, Топен — это именно прозвище, данное по занятию или по характерному месту обитания.

Фамилия Топенов (и Топенова) тяготеет к северным и центральным регионам России, где болотистая местность и где слово «топь» было в активном обиходе. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, прозвище дали одному человеку в конкретной деревне, а его потомки разнесли фамилию по округе. В написании нет вариаций — суффикс -ов однозначный, без чередования (в отличие от фамилий на -ин). Таким образом, предки носительниц фамилии Топенова — вероятно, жители болотистой местности или люди, чья работа была связана с печным делом.