Фамилия Топхара — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить случайные или поздние заимствования, наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими языками. Основа «топ» в тюркских наречиях означает «шар», «ком», «мяч», «пушка» (в значении «орудие, мечущее ядра»), а также «полный, целый». Вторая часть, «хара», может восходить к «кара» — «чёрный» или «земля, суша». Таким образом, Топхара — это сложение двух корней, где первый, скорее всего, указывает на род занятий.

В османской и крымскотатарской традиции «топхане» называли арсенал, пушечный двор или литейный завод по производству орудий. «Топхара» могла быть прозвищем человека, служившего при таком арсенале: литейщика, пушкаря или смотрителя склада. Суффикс в фамилии отсутствует, что характерно для многих тюркских фамилий, которые представляют собой застывшее прозвище или обозначение профессии. Вариант с «чёрным шаром» или «чёрным комом» (например, прозвище по внешности или по особенностям работы с углём и металлом) тоже возможен, но менее конкретен.

Интересно, что фамилия не имеет стандартного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что указывает на её сравнительно позднее бытование в русскоязычной среде или на сохранение исходной тюркской формы. Встречается она преимущественно на юге России, в Краснодарском крае и республиках Северного Кавказа, где исторически были сильны тюркские и адыгские влияния. Встречаются единичные носители и среди крымских татар, что подтверждает связь с оружейным делом: в Крымском ханстве существовали цеха пушечных мастеров.

Другие версии — например, от греческого «топос» (место) с добавлением «хара» — выглядят натянутыми, так как не объясняют ни географию фамилии, ни её звуковой состав. Спорным остаётся и возможное происхождение от арабского корня, но без документальных подтверждений это лишь догадка. Скорее всего, предки носителя фамилии Топхара были людьми, связанными с военным ремеслом и производством оружия, что в условиях приграничных территорий было делом уважаемым и опасным.