Фамилия Топпонен образована от имени Топпо, являющегося производной формой финского имени Тобиас. В свою очередь, имя Тобиас образовано от древнееврейского слова «товийах» в значении «Яхве добр». В Ветхом Завете существует несколько персонажей с именем Тобия. Это имя восходит к тому же корню, что и Тобиас. Также фамилия Топпонен может происходить от прозвища Топпо, образованного от финского слова «топпаус» в значении «набивка, заполнение чего-либо». Таким образом, прозвище Топпо может относиться к профессиональным именованиям и указывать на род деятельности предка: он мог заниматься набиванием тюфяков, подушек, быть набойщиком тканей. Набивка издавна была широко распространена в европейских и азиатских странах. Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».