Фамилия Топшеева — женская форма фамилии Топшеев, и её происхождение напрямую связано с необычным прозвищем, которое могло закрепиться за человеком на Русском Севере или в Сибири. В основе лежит слово «топший» — устаревшая и диалектная форма причастия «утопший», то есть утонувший. В говорах Архангельской, Вологодской, Пермской губерний и в Сибири «топшим» называли не только утопленника, но и человека, который чуть не утонул, либо того, кто жил у воды или промышлял рыболовством на опасных реках. Прозвище Топшей могли дать рыбаку, лодочнику или человеку, пережившему кораблекрушение, чтобы подчеркнуть его связь с водной стихией — с оттенком суеверной осторожности или уважения.

Модель образования фамилии — суффикс -ев, который в русской ономастике присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. От прозвища Топшей (с конечным -ш) по правилам русского языка возникла форма Топшеев, а от неё — женская Топшеева. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Топшея» или «из рода Топшеевых». В отличие от более частых фамилий на -ов, вариант на -ев встречается реже, что уже делает Топшеевых носителями довольно редкой родовой модели. Фамилия не имеет отношения к тюркским или кавказским корням, хотя по звучанию может напоминать фамилии народов Поволжья, — этимологически это чисто русское образование от глагольной формы.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «топша» — так в некоторых областях называли топкое, болотистое место или трясину. В этом случае Топшеем могли прозвать человека, жившего возле болота, или того, кто вяз в трясине. Однако версия с «утопшим» выглядит убедительнее: причастие «топший» зафиксировано в исторических словарях, а прозвища по несчастным случаям или особенностям промысла — обычное дело для русских фамилий XVI–XVII веков. Встретить Топшеевых можно в документах по Архангельской и Вологодской губерниям, а также среди старообрядцев Забайкалья, куда северные крестьяне переселялись в XVIII–XIX веках. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская, без дворянского корня.