Фамилия Топтышкин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с характером или манерой поведения. В её основе лежит глагол «топтать» или существительное «топтыга». Прозвище Топтыга, Топтыжка или Топтыш давали человеку тяжёлого, грузного телосложения, который ходит, тяжело ступая, «топочет». В народной речи «топтыгой» называли неуклюжего, неповоротливого человека, а также медведя — отсюда известный сказочный персонаж Михайло Топтыгин.

Модель образования фамилии проста: к основе «Топтыш» прибавили суффикс -кин, характерный для русских фамилий, указывающий на принадлежность «чей?» — «сын Топтышки». Суффикс -к- в основе («Топтышка») мог быть уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным, что типично для прозвищ. Таким образом, Топтышкин — буквально «потомок того, кого звали Топтышка».

В отличие от многих фамилий с корнем «топт-», которые могли относиться к сапожникам или топтунам (например, Топталов), Топтышкин почти наверняка происходит именно от прозвища, а не от ремесла. Подобные прозвища были широко распространены в крестьянской среде северных и центральных губерний России, где медведь был частым персонажем фольклора и символом грубой силы. Фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для потомков — она сохранила яркую образную характеристику своего первого носителя, жившего, вероятно, не позднее XVII–XVIII веков.