Фамилия Топушкин образована по модели, характерной для русских фамилий XIX века: основа + суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Топушкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Топушка.

Основа фамилии — прозвище Топушка. Оно могло возникнуть от глагола «топать» или «топтать». В русских говорах «топушка» — это не только уменьшительное от имени, но и прозвище для человека, который тяжело ступает, топает при ходьбе, или же для того, кто занимался топтанием чего-либо (например, в кожевенном деле — топтал кожи при выделке). Вторая версия: прозвище могли дать по обуви — «топотушки» в диалектах означали грубую, тяжёлую обувь, башмаки. Человек, носивший такую обувь или делавший её, мог получить прозвище Топушка.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к неканоническому имени Топушка, которое давали в крестьянской среде по внешнему признаку или поведению. В ономастических словарях фамилия Топушкин не относится к числу частых, но встречается в центральных и северных регионах России, где были сильны традиции прозвищ от глаголов движения.

Социальный контекст: фамилия явно крестьянская или мещанская, без дворянских корней. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если бы предок был священником или дворянином, фамилия скорее получила бы суффикс -ский или церковное имя в основе. Топушкин — фамилия, которая прямо говорит о бытовом занятии или характерной черте предка.